납북피해위로금은 3년 이상 납북되어 귀환하지 못하고 있거나 북한 억류 중 사망한 납북자의 가족과 귀환납북자에 해당하는 자의 가족들에게 신청권이 부여되었으며, 1차적으로 납북피해자지원단에서 사실조사 등을 진행하였고, 이 사실조사 결과를 바탕으로 납북피해조사 및 심사분과위원회에서 납북피해자인지의 여부를 심사하였으며, 납북피해자로 인정되었을 경우 명예회복 등의 조치와 함께 피해산정분과위원회에서는 피해위로금 등의 지급 금액을 산정하였으며, 최종적으로 납북피해자보상및지원심의위원회에서 피해위로금 등의 지급을 결정하였다.

한편, 납북피해와 관련하여 국가공권력 행사로 인한 사망·상이가 발생한 사람에 대해서는 의료지원금 및 보상금 등을 신청할 수 있었으며, 절차는 납북피해위로금 지급 절차와 비등하였으며, 귀환한 납북자들에 대해서는 정착지원도 이루어졌다.

이와 같이 『군사정전에 관한 협정 체결 이후 납북피해자의 보상 및 지원에 관한 법률』에 따라 전후납북피해 총443건이 인정되어 피해위로금 등으로 총 약153억원이 지급되었다.